El San Luis Gonzaga es una institución educativa oficial por decreto 0392 del 29 de marzo de 1973, del municipio de Copacabana. Su origen se debió a la fusión de los establecimientos de secundaria Liceo Departamental Jesús Tobón Quintero y el Instituto Parroquial San Luis.

El Liceo Departamental Jesús Tobón Quintero se creó en 1968 e inició labores con 260 estudiantes, distribuidos en cursos de primero a quinto de bachillerato. Para el año 1969 se dio el sexto bachillerato y se aumentó a 300 estudiantes. Figuraba como rector Abelardo Alejandrino Duque quien ocupó su cargo hasta 1971. Después del año en mención, ejerció como rector Ramiro de Jesús Lopera Agudelo, quien participó de la fusión del actual San Luis.

La Institución Parroquial San Luis, comenzó a funcionar en 1873 como institución educativa, con la modalidad de enseñanza primaria. En 1895 y después de algunos problemas e interrupciones, se creó el de bachillerato de enseñanza media. Como consecuencia de la guerra de los mil días, entró en receso hasta 1906, cuando los hermanos de las escuelas Cristianas se hicieron cargo de la institución y la regentaron hasta 1918, año que fue cerrada. En 1935 abrió sus puertas de nuevo, hasta que en 1972 se dio fin a esta institución educativa.

El Liceo San Luis Gonzaga, que resultó de la fusión tuvo como rector al señor Ramiro de Jesús Lopera Agudelo quien laboró hasta 1974. En su reemplazo dirigió el señor Rafael Yepes Rivera quien estuvo hasta 1978, fecha en la que dirigió el señor Rodrigo Henao Laverde hasta el año 2001. El Liceo funcionaba con dos jornadas, mañana y tarde; contaba con una nómina de 2 coordinadores, 59 profesores, 2 secretarias, 1 bibliotecaria y 4 celadores. Como rector encargado estuvo el señor Hugo Ruíz en los años 2002 y el 2003 hasta el 13 de agosto.

En el 2001, El Ministerio de Educación Nacional fijó las pautas y criterios para la reorganización del sector educativo. Correspondió a las secretarías de educación organizar la prestación y administración del servicio educativo de su jurisdicción. De esta manera se presentó la fusión de unos establecimientos educativos y se clausuraban otros. De acuerdo con la resolución número 19284 del 24 de diciembre de 2002, se fusionaron y al tiempo se clausuraron los siguientes establecimientos educativos: Liceo San Luis Gonzaga, Escuela Urbana Santa Clara, Escuela Urbana Francisco Meneses, Escuela Urbana Pablo VI, Escuela Rural Cabuyal, Escuela Rural Carlos Mesa y Escuela Rural Joaquín Jiménez Sepúlveda. Todos estos centros educativos se fusionaron en una sola institución y bajo una sola administración; tomó el nombre de Institución Educativa San Luis Gonzaga y se ubicó en el anterior Liceo San Luis Gonzaga. En efecto, se autoriza a la institución para que imparta educación formal en los niveles de preescolar, educación básica: Primaria (grados primero, segundo, tercero, cuarto y quinto); secundaria (grados sexto, séptimo, octavo y noveno) y el nivel de educación Media Académica y Técnica en la Especialidad de Comercio, grados diez y once.

La institución que dirige el rector Nelson Buenaños Pino desde el 14 de agosto de 2003, cuenta actualmente con: 7 secciones, 82 profesores, 2600 Estudiantes, 5 coordinadores, 1 secretaria y 2 auxiliares, 2 bibliotecarios, 4 celadores, 1 contadora, 12 empleados de apoyo.

Todos estos años de historia ubican a nuestra institución como un verdadero patrimonio cultural, alma del municipio de Copacabana, que debemos proteger y cuidar, como un legado de hoy y para nuestros hijos.